Kaf HaChaim on Orach Chaim 109:5 כף החיים על אורח חיים ק״ט:ה׳

ה) שם, או לקדיש, פי' עד שלא יגיע ש"ץ ליהא שמיה רבא, ב"י בשם המרדכי, והביאו מ"א סק"ב, וכתב וז"ל ומשמע דיכול להתפלל עד שיענו יהא שמיה אבל אמן לא יענה כיון דלא נתכוין על מה יאמר והוי אמן יתומה כמ"ש סי' קכ"ד, ועיין סי' נ"ו בהגה עכ"ל וכתב עליו הלב"ש וז"ל ומשמע דיכול וכו' כלומר שא"צ לגמור כשיאמר ש"ץ יתגדל כדי שיוכל לענות אמן אלא אפי' גימר כשאומרים הצבור איש"ר והוא מחמת תפלתו לא שמע הקדיש מפי הש"ץ דבה"ג אינו אומר אמץ רק יש"ר בלבד נמי סגי ואהא סיים ועיין סי' נ"ו בהגהה כוונתו למ"ש שם במג"א סק"ה דכשנתן לב שהש"ץ אומר יתגדל יכול גם לענות אמן והכא מיירי נמי בכה"ג אבל אסור לו לבטל עניית אמן משום דאמן כקדיש ולא קאמר המרדכי והאגודה אלא שיכול להתפלל עד שיתחיל ש"ץ יש"ר ולעולם שהוא יענה גם אמן משום שנתן לבו וכאמור עכ"ל: